1989 年的《哥吉拉vs碧奧蘭蒂》（ゴジラvsビオランテ）以今日標準來看仍是十分傑出的作品，但在當年就是叫好不叫座。也因此，東寶多花了一點時間重新檢討方向，隔了一年才推出《哥吉拉vs王者基多拉》（ゴジラvsキングギドラ, 台譯：六度空間大水怪），確立了 1990 年代老牌怪獸回鍋對決的主軸。這部怪獸片本身有其矛盾點──這裡並非著重於劇情描寫的時間旅行出現各種矛盾，而是想強調這部片很矛盾地，既因著重娛樂效果而產生不少疏漏，同時卻又能以一些細緻的安排，來在怪獸片中一探「日本」這個存在的過去、現在以及未來。
《哥吉拉vs王者基多拉》
受到《回到未來 2》影響 續作加入好萊塢科幻元素
《哥吉拉vs碧奧蘭蒂》上映時，正好遇上了《回到未來 2》打對台。據說製作人田中友幸是直接在戲院門口目睹了兩邊觀眾量的差距。這件事應該對哥吉拉的改善方向有不小影響，因為在接下來的《哥吉拉vs王者基多拉》中，觀眾不僅可以看到時間旅行，甚至還能看到有如巨型飛碟的時光機、有如魔鬼終結者的仿生人，以及各種來自好萊塢科幻作品的要素。
至於在怪獸的部分，碧奧蘭蒂很遺憾地證明新創怪獸在票房上並不吃香，也因此使原本排在《哥吉拉vs碧奧蘭蒂》之後的第二個「老配少」計畫──復活摩斯拉，來對決全新怪獸「霸剛」──遭到高層否決。出於票房的保險考量，東寶維持了哥吉拉出場，並在陽剛與陰柔的抉擇中選擇以前者來對決──因此，和哥吉拉四度交手的最大宿敵王者基多拉，就成為老牌怪獸回鍋對決的主軸下，率先登場的哥吉拉對手。
儘管主題和方向都大幅變更，1991 年的《哥吉拉vs王者基多拉》劇情倒還是接續了前作。抗核菌壓制住哥吉拉至今已超過一千日，但在這時突然出現來自兩百年後的人類；他們向日本政府表示，由於未來日本列島將遭哥吉拉破壞核電廠而無法居住，因此他們打算把哥吉拉從歷史中抹去。據他們判斷，二戰期間太平洋馬紹爾群島中「拉哥斯島」上被美日雙方目睹的恐龍，將在十年後，也就是 1954 年的氫彈試爆後變成哥吉拉。因此，他們帶著幾名現代日本人回到拉哥斯島的戰火中，見證那隻替日軍擋下美軍炮火而奄奄一息的恐龍，被未來科技傳送到白令海峽一帶的荒島上避開核爆。
穿越時空理論漏洞百出 卻深藏銳利世界觀
不過，未來人卻偷偷將三隻基因工程製造的有翅膀小動物留在島上。結果當他們返回現代時，雖然哥吉拉消失了，卻出現了三頭巨龍王者基多拉，而且因為基因設定，而能被未來人所操控。這時未來的人真正目的終於揭曉──真相是，哥吉拉到兩百年後都沒醒來，而未遭破壞的日本其實發展成了超越美蘇的超級大國──回到過去的未來人其實是國際平衡主義者中的激進派，他們企圖以王者基多拉控制過去的日本，而改變其獨霸的未來。不過其中一名未來日本人難以忍受而倒戈，與日本現代人一同企圖阻止未來人。出乎眾人意料的是，當年的恐龍到了白令海依舊因核廢料而變成了更巨大的哥吉拉，並反過來擊破了未來人的母船，並將王者基多拉擊墜至北海道以北的鄂霍次克海。
然而，正如未來人主謀者所言，哥吉拉代替了基多拉，開始完全不受控制地破壞日本。未來日本人因此返回未來，希望能以那時的科技讓仍在海底的王者基多拉重生為半機械生物，並送回現代迎擊哥吉拉。
接觸過時間旅行題材的人，看到這樣的劇情，應該都不難找出各種顯而易見的問題點；說《哥吉拉vs王者基多拉》的時間旅行漏洞百出，也不是什麼太過分的批評。然而，在這些漏洞之下，其實還是有一些相當銳利而深刻的世界觀。
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