最終成型的《哥吉拉 vs 碧奧蘭蒂》( ゴジラvsビオランテ )劇本世界，可以說是靠哥吉拉拓展廣度，並由碧奧蘭蒂拉開情感縱深。
哥吉拉延續前作，被誘導落入三原山火口後，在毀壞的新宿留下了一些細胞組織；除了日本之外，美國四大生物公司的聯合體「Bio-Major」、中東（虛構）國家「沙拉地亞」也紛紛派出特務來爭奪這珍貴寶物。奪得細胞的沙拉地亞，從日本請來了頂尖生物學者白神博士和女兒英里加來打造抗旱小麥，以擺脫從美國輸入糧食的束縛；但企圖鞏固糧食輸出霸業的 Bio-Major 卻發動炸彈攻擊，銷毀了哥吉拉細胞，英里加也因此喪生。若了解到美國在世界各地為維持其霸權而做過的事情，便會覺得這樣的描述設定其實是很貼近現實的。
科技來自於人性的恐懼和慾望
五年後，放棄研究的博士像是死守著女兒般地，和她生前留下的玫瑰待在蘆之湖畔的植物研究室。但同時，再次開始活動的火山迫使日本政府必須開發新的對哥吉拉武器，而這時代最新穎的構想就是生物基因──利用哥吉拉細胞製造能吃核能物質的細菌，直接從哥吉拉體內奪走能量。
雖然這設定就物理來說不甚合理，但其想法卻頗能看出「核」在該時代的陰影。從 1984 到 1989 雖然才相差五年，中間卻發生了一件核能相關的大事件── 1986年蘇聯的車諾比核電廠事故，造成了人類史上最嚴重的核汙染。在蘇聯解體導致冷戰結束前，世界可說同時處在核電廠和核彈的雙重陰影下。「抗核菌」可以說是在這種憂慮中的願望──如果能讓核能無效化，不管是用來破壞核彈，或者是清除核電廠災害的外洩物，都會是最治本的理想方法。
這種理論上說不通但考量十分出於現實的想像，跟前作裡哥吉拉直接拔起核反應爐吸光核物質、甚至靠著兩顆核彈在東京上空互爆來充能的想像相比，可說是經歷了真實事件的洗禮後才有的天壤之別。
因愛而生的「碧奧蘭蒂」
日本雖然也有保留哥吉拉細胞，但唯一能作出抗核菌的只有白神博士。博士成功作出了抗核菌，卻暗自把哥吉拉細胞和玫瑰花融合起來──原來他早就將女兒的基因融入了玫瑰中，但火山爆發的地震意外造成玫瑰死去，他只能用哥吉拉的不死之力為她續命──因此在哥吉拉尚未復活前，三種生命融合的怪物碧奧蘭蒂就已經在蘆之湖現身了。據小林晉一郎的說法，他會描繪出這樣的情節，其實是因為看到自己熟睡中的妻兒，而開始想像出科學家為了讓最愛的人永存，而以技術踏進了惡魔的領域。
因為愛的深刻而超越規範，又因為科學的力量而自認為無所不能，因而打破了界限，造成更大的傷害──這樣的劇情已經不再是元祖《哥吉拉》中，山根博士和芹澤博士那種目睹哥吉拉行徑而作出價值判斷的旁觀科學家，而是科學家帶著強烈的人性慾望來為自己改變世界。日後科幻愛好者仍會繼續在《新世紀福音戰士》等題材中，繼續看到同樣的悲劇上演。
在哥吉拉這邊，Bio-major 和沙拉地亞的哥吉拉細胞爭奪衝突，並沒有因碧奧蘭蒂而中斷，反而是火上加油──得知抗核菌存在的 Bio-major 直接向日本政府勒索，若不交出抗核菌就要人工引爆火山讓哥吉拉復活；妥協了的日本政府卻在交貨時遭到沙拉地亞特務 SSS9 襲擊，結果抗核菌被奪走，也沒能阻止火山爆發，哥吉拉便隨之現身。在突破了自衛隊的包圍網後，哥吉拉查覺到了碧奧蘭蒂的存在，而往牠所佇立的蘆之湖前進。
