在庵野秀明原本的預想中，身為電影《正宗哥吉拉》「總導演」的他，只需負責劇本和「Previz」視效預覽等前置作業，其後的工作都交給身兼導演和特效導演的樋口真嗣就好。但企圖打破日本慣例制度的庵野，可以說果不其然地，也逐漸打破了自己當初的安排。
實事求是，親力親為的監督：庵野秀明，反倒影響了製作和諧？
從 2015 年 5 月底開拍第一顆鏡頭到 9 月這段時間，分工方式還算在原本的安排中，但從 9 月開始，原本從不前往拍攝現場的庵野逐漸開始現身，以方便親自取得自己所需的畫面。
在拍攝（日後暱稱為「蒲田君」的）第二型態上陸的民眾逃難場面時，庵野為了從更多角度取得畫面，安插了一組全新的攝影班，結果這就讓現場的其他劇組略有不滿；此外，自從庵野開始在現場後，有些情況下即便樋口說了 OK，庵野還是有可能要求再來一次。以動畫起家的庵野對畫面有著極其精準的記憶力和要求，對於一兩公厘差異的留意讓不少現場劇組印象深刻，但也著實造成了些許混亂。
2015 年 11 月，實攝結束後，電影就進入了電腦動畫的後製階段。據庵野所言，《正宗哥吉拉》極少使用微縮模型的理由，是因為整部片的世界觀需要呈現一種「硬質」而「禁慾」的調性，手作模型的那種溫度以及和現實的些許差距，和本作的調性並不相符。
但樋口與「准導演」尾上克朗始終對電腦動畫缺乏信心，而希望作出一個實體的哥吉拉，便率員打造出一台機械的哥吉拉上半身──但因外型和竹谷隆之的雛型有一段差距，無法配合電影需要的質感，最後還是只能捨棄不用。
跨越一甲子歲月，日本第一頭 CGI 哥吉拉誕生
也因此，《正宗哥吉拉》就出現了全系列第一頭全電腦繪製的日本哥吉拉。負責電腦特效的團隊「白組」，在哥吉拉之外更重要的工作，就是完成電影中龐大的戰鬥場面──尤其是最終決戰「八鹽折作戰」。這場以凍結哥吉拉為目標的作戰中，同時有列車奔馳、大樓倒塌、無人機的轟炸以及哥吉拉的熱線還擊，場面既龐大又立體；然而庵野對畫面的堅持及革新方針，在此又造成了作業混亂。
據特效製作人大屋哲男所言，庵野會要求白組做出和 Previz 一樣的電腦動畫成品，但由庵野自家公司作出的 Previz 卻比較偏動畫風格，缺少慣例的物理法則。此外，有時就算白組照了 Previz 完成電腦動畫，庵野事後可能又對 Previz 不滿意而只能讓動畫跟著重做，甚至還有 Previz 沒完成而只能乾等的狀況。
庵野、樋口、尾上三人若是一起來檢查特效，有時又會形成多頭馬車的局面。但經製作方安排後，現場逐漸建立起由庵野一人直接和白組溝通意見的模式，此後特效製作也才逐漸步上軌道。
讓哥老大重回話題的「神祕行銷」──
隨著電影接近完成，宣傳工作也逐漸起步，不過庵野和製作方的方向差異還是延續到了最後。據庵野所言，他其實會擔心《正宗哥吉拉》在未上映前就被觀眾誤解為那種騙小孩看的哥吉拉電影──畢竟連元祖《哥吉拉》都曾這樣被誤解過。如果不在上映前徹底洗清這種印象的話，恐怕無法在剛上檔時引發話題。
儘管也有人認為觀眾老早就熟悉哥吉拉所以沒必要這麼著重，但庵野堅信，一般觀眾的心態如今已經是：
「因為是哥吉拉所以不想去看」
若要改變這種印象，一定要讓第一批看到的核心觀眾有所震撼，進而形成口碑傳播。
也因此，有別於過往哥吉拉電影，不論日美都在上映前大量曝光哥吉拉身影，《正宗哥吉拉》直到最後的預告都還沒能看見四足貼地的第二型態，更看不到哥吉拉的熱線噴射，角色對白與劇情哏概幾乎也都保密到家。
《正宗哥吉拉》台灣上映前的電影預告，也維持了不輕易揭曉箇中秘密的神祕宗旨：
2016 年 7 月 29 日，《正宗哥吉拉》就在這樣的操作下，像個謎團一樣地在日本盛大上映。
（「【電影背後】庵野秀明與《正宗哥吉拉》」系列文章 1-4 完，敬請期待作品本身的相關介紹發佈）
