接續前篇，1964 年的東寶特攝怪獸片《三大怪獸 地球最大的決戰》，整部電影在輕鬆但詭異的氣氛中展開：在異常高溫的冬天裡，流星不斷從空中落下，讓人不禁懷疑地球是不是要出大事了。同時，（虛構的）薩爾吉納公國王女正冒著被王位爭奪者暗殺的風險，秘密前來日本訪問。沒想到一顆流星就這麼不巧擊墜了座機，但就在那之前，聽見耳中傳來警告預言的王女，已經先一步跳出機艙，只是不知道掉到了日本的哪邊去……
＊前情提要：【專題】怪獸系列：哥吉拉《三大怪獸 地球最大的決戰》宇宙怪獸王者基多拉登場 (15)
融合各種電影主題的嶄新怪獸片
這不可思議的事件，成為本片各主題的交會點。一邊有最傳統的怪獸片主軸──為了調查落在山中的隕石，科學家率團進入黑部山區，隨著接近隕石，異常的磁力就變得越來越強；但當隕石出現在眼前時磁力突然消失，只見殞石開始發光膨脹，並從中炸出了王者基多拉。
另一邊，東京街頭突然出現自稱金星人的預言者，警告地球即將滅亡，第一個徵兆會在（拉頓之前葬身）的阿蘇山出現。這時候，碰巧（？）是兄妹的刑警和記者，一個因為要採訪超自然現象，一個原定要當王女的貼身護衛卻發現預言者長得和王女很像，便一前一後地找起這名神秘人物。同時，王位爭奪方也注意到這預言者，便派出暗殺團前來日本。
沒多久，阿蘇山果然飛出了拉頓，這時銜接《摩斯拉對哥吉拉》（モスラ対ゴジラ）的劇情也加了進來──來日本上電視節目獻唱（這次是受邀不是被綁）的小美人正準備搭渡輪返回嬰兒島。但預言者突然現身港口勸阻，說哥吉拉將會襲擊這艘船，隨後被記者帶回旅館照顧。終於齊聚一堂的眾人此時偏偏遇上王女暗殺團，靠著刑警和小美人的救援（以及哥吉拉現身製造的混亂）順利脫困。
當人物劇情匯合成預言者護衛隊抵擋王女暗殺團，怪獸劇也開始分頭並進。一邊是哥吉拉跟拉頓打得不相上下，同時王者基多拉也用引力光束從松本一路掃向東京。摩斯拉在小美人召喚下前來說服地球兩獸一同對抗王者基多拉，但這時候首度在銀幕上「說話」的哥吉拉和拉頓，卻認為人類一直欺負牠們而不肯出手，直到摩斯拉自己上陣被痛擊，哥吉拉和拉頓才出手相助，怪獸界的三英戰呂布便堂堂登場。
多線並進、皆具樂趣的劇情發展
到了此時，電影成了「怪獸大戰」與「警匪對決」的雙線交錯：先前向眾人描述金星文明如何毀於王者基多拉的預言者，終於因為墜落山谷的衝擊而恢復王女的記憶，又多虧刑警的死命保護而撿回一命；三大怪獸使出各種肉搏、啄擊、吐絲的絕技，終於封住了王者基多拉的攻擊，逼牠逃離地球。
而故事結局很難不令人想起當年正紅的《羅馬假期》：恢復身分的王女帶著刑警英勇相救的片段記憶，翩然離開日本，獨留刑警一人惆悵不已。另一邊，摩斯拉和小美人也準備返回嬰兒島，哥吉拉和拉頓在岸上送別，也是牠們第一次在電影裡「善終」。
《三大怪獸 地球最大的決戰》常被人忽略的，就是在劇情娛樂上達到了高標水準。電影接連端出宇宙怪談、末日預言、警匪對決、浪漫異國戀和兩段小美人歌舞秀，多線合進的故事軸又讓電影在怪獸決鬥外始終保持張力。而怪獸對決這一塊也成功銜接起前作，在創新逗趣的打鬥場面外，也名正言順地讓東寶旗下三大怪獸全部洗白；雖然過往的現實嚴肅面蕩然無存，卻也替未來穩定的善惡對決系列鋪下穩定基礎。
東寶的大怪獸對決世界可以說從本片起正式確立，雖然接下來還會歷經風雨，但東寶仍會持續以哥吉拉為主軸，用一年一作的速度將這系列延續到十年後……。（未完待續）
