電影的幕後花絮通常是製作單位自己從正面觀點來側寫電影拍攝過程，並做為日後宣傳所用，但《卡美拉 3：邪神覺醒》卻有一部相當奇特的幕後影片──這部《GAMERA 1999》反而紀錄了電影拍攝期間的劇組內部衝突，而這多少也反映了本片從發想階段以來不斷出現的種種分歧與困難。
《GAMERA 1999》: 記錄《卡美拉 3：邪神覺醒》幕後花絮與電影特效甘苦談的紀錄片
拍攝《GAMERA 1999》的也不是泛泛之輩──總指揮是特效導演樋口真嗣多年工作夥伴、《新世紀福音戰士》的導演庵野秀明，導演和多名攝影也都是動畫界與這兩人長期合作過的同事。或許出於這樣的關係，使得這部片除了一般的電影幕後花絮外，還多了不少著重特效方面的甘苦談。
《GAMERA 1999》。
《卡美拉 3》幕前幕後問題重重
由於這部只以錄影帶發行過的紀錄片全長兩小時且完全無字幕，現場收音也不甚清楚，因此筆者僅能根據網路上的資料來概述本片內容，藉以凸顯《卡美拉 3》拍攝時的問題重重：據稱，該片展現了本編（主戲）導演和特效導演的意見不合、本編劇組和特效劇組的關係惡化、上述兩名導演與製作人的意見不合，以及製作人與劇組因進度落後和預算問題發生的衝突摩擦等；加上這支紀錄片又是由一開始就想從劇中剔除角色（而和導演編劇有過一番爭執）的《卡美拉 3》製作人南里幸擔任製片，這更讓《卡美拉 3》的導演金子修介認為，製作人其實是想利用庵野秀明的拍攝來找他麻煩。
《卡美拉 3：邪神覺醒》海報。
跨越困難終於推出的《卡美拉 3：邪神覺醒》
無論幕後還有多少不為人知的摩擦衝突，《卡美拉 3：邪神覺醒》最終還是在 1999 年 3 月上映了。在最終推出的故事中，一切的因緣都要回歸四年前的一場意外；一名因卡美拉與加歐斯激戰而失去父母的少女，把一切的怨恨都託付給邪神「柳星張」，以周遭欺凌她的人為養分，讓牠日漸茁壯。另一方面，三年前卡美拉集中全地球能量擊退外星怪獸雷吉翁，卻同時使地球系統失去平衡，導致各地孵化大量加歐斯，而雙方於澀谷一帶激戰造成的慘重傷亡，使得日本當局與主流民意都認定卡美拉的威脅已高過加歐斯。
將復仇願望寄於邪神的少女比良坂綾奈。
卡美拉就要決戰邪神伊利斯
被少女命名為「伊利斯」的邪神，一邊使少女的身心與自身融合，一邊成長為巨大怪獸，雖然融合過程一度遭到打斷，但伊利斯最終還是抵達了少女所在的京都，準備與將少女身心都徹底吞噬。而不斷遭人類阻礙卻仍一路追擊伊利斯的卡美拉，也在此時抵達；眼見兩大怪獸即將在京都車站衝突，著魔的少女心中也只剩一個念頭──
「伊利斯，把牠殺了！」
《卡美拉 3：邪神覺醒》電影預告：
面對前所未有的強敵、人類無法平息的恨意，以及從全世界各地飛來的無數加歐斯，卡美拉即將迎接退無可退的最後一戰……（下篇待續）
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